Saat ini, orang yang ingin mengirimkan barang (atau memindahkan orang) cenderung menyadari bahwa tidak selalu masuk akal untuk hanya menggunakan satu moda transportasi saja. Misalnya, kargo dapat diturunkan dari sebuah kapal ke sebuah truk, yang memindahkannya ke railyard, dari mana ia akan dipindahkan melintasi negara dengan kereta api. Transportasi antar moda mungkin lebih efisien dan lebih murah; dalam beberapa kasus, bagaimanapun, ia memang memiliki kelemahan dalam hal kecepatan dan keandalan.
Kecepatan
Meskipun transportasi antar moda menawarkan manfaat dari biaya yang relatif rendah dibandingkan dengan metode lain, ia memperoleh ini dengan mengorbankan kecepatan; setiap kali kargo dipindahkan ke sarana perjalanan yang relatif lebih lambat, misalnya kereta api, yang beroperasi pada rel tetap yang mungkin tidak menawarkan rute langsung seperti jalan yang digunakan truk, ia melambat. Untuk beroperasi pada efisiensi puncak, transportasi antar moda juga harus mengurangi jumlah waktu yang dihabiskan menunggu di depot untuk kedatangan kapal baru atau agar muatan diturunkan.
Kurangnya Keandalan
Karena ketergantungannya pada lebih dari satu moda transit, transportasi antar moda juga tunduk pada keandalan keseluruhan yang lebih rendah; seiring rantai berbagai mode tumbuh, kemungkinan setiap tautan dalam rantai mogok juga meningkat. Ini khususnya bermasalah ketika salah satu moda transportasi adalah kereta api; jalur kereta api lebih rentan terhadap keterlambatan yang disebabkan oleh cuaca buruk atau kegagalan peralatan. Karena alasan ini, serta kekhawatiran akan kecepatan, pengirim yang membutuhkan transportasi berkecepatan tinggi yang lebih kecil cenderung mempertimbangkan sistem antar moda.
Kerusakan
Setiap kali kargo harus diangkut, pengirim beresiko kemungkinan kerusakan karena barang ditransfer dari satu metode transportasi ke yang lain. Untungnya, bahaya ini dapat dikurangi, tetapi melakukannya umumnya melibatkan pengemasan berlebihan dengan menambahkan lebih banyak bahan pelindung dan pelindung daripada yang biasanya dianggap cukup. Berat dan biaya tambahan ini secara parsial menangkal keunggulan transportasi antar moda dalam hal efisiensi dan biaya energi.
Biaya Infrastruktur Tinggi
Transportasi barang antar moda juga mengalami biaya infrastruktur yang relatif tinggi. Kontainerisasi telah menurunkan biaya dan kesulitan mengangkut barang dengan menstandarkan bentuknya; pengirim barang dapat dengan mudah memindahkan wadah yang sama dari kapal ke kereta ke truk. Namun, menangani kontainer ini mengharuskan pengirim memiliki crane dan peralatan tugas berat yang diperlukan untuk memanipulasi kontainer besar; infrastruktur ini mungkin tidak ada di semua tempat, terutama di negara-negara berkembang.
